在李登輝因大搞台獨、去中國化，遭到國民黨開除黨籍之後，另組一個政治光譜上屬極獨的台聯黨，即和國民黨形同陌路，雙方公開或私下罕有互動，但在馬英九選上當時與李登輝共商組台聯黨一事的蕭萬長為副手與不斷朝獨台路線發展，加上李登輝近來與民進黨公然翻臉，台北政壇政正密切觀察馬英九與李登輝之間的互動，兩人「好事」將近的說法甚囂塵上。

馬英九是否會與李登輝結盟，政治上沒有什麼事情是不可能，但從馬英九競選的策略來觀察，這種可能性似乎是愈來愈大，先從人事的安排來看，屬於李登輝人馬的蕭萬長、詹啟賢、黃正雄、蘇俊賓(曾加入台聯黨)在競選團隊所扮演的角色吃重，可以得到初步的印證。

另從政策面來看，關於「去統」、「廢九二共識、國統綱領」、「台獨也是選項」、「台灣國民黨說」、清楚明白是獨台路線的表現。雖然這些事後皆經馬英九本人的否認，但如此重大政策宣示，只用「幕僚疏忽」輕輕一筆帶過，太令人難以置信，因為這是何等重天的事，馬英九或是國民黨中央竟然會如此輕率為之，也太小看人民的智慧了。

此外，一些過去強烈支持李登輝路線的媒體與記者，如中國時報的總編輯王建壯、中時電子報主筆黃創夏等，得到馬團隊高度信任，許多媒體的操作也是經由中國時報來運作，後再視外界反應再加以調整解釋。

過去馬英九在選台北市長時，李登輝在最後一刻高舉馬英的手，表示馬英九是新台灣人，事後就有人評估，李登輝的這一舉，是馬英九得以擊敗陳水扁的關鍵一擊，而這樣的分析，據了解，得到包括馬英九本人的馬團隊肯定。

是以，馬英九打從一開始，即設定爭取淺綠選民的選戰策略，所以關於國民黨「去統」往獨台路線發展的一切一切，根本就是馬英九個人意志的體現，絕不是所謂的幕僚背著馬英九硬幹。因此，選戰打到今天，若仍看不出馬英九葫蘆裡在賣什麼藥，認為馬英九欲與李登輝結盟是完全不可能的事，當然是支持馬英九者自欺欺人的想法。

只是現在比較令人好奇的是，李登輝遭國民黨開除黨籍之後，所走的政治路線屬急獨又帶有濃厚的日本皇民化色彩，這樣的政治路線要如何與馬英九結盟。或許台聯黨近來與民進黨清楚切割，就是李登輝為日後與馬英九結盟公開化來做準備。

反觀馬英九，具有一定的民族主義與親美反共意識形態，應該是無庸置疑的，除了反共親美與李登輝一樣外，其它部分則是有相當的衝突、排拒性，特別是民族主義與皇民化更可以說是水火不容，實在不曉得兩者要如何調適彼此。

馬英九團隊與國民黨中央現所持的論調是，沒有了政權一切都是空談，在政治棋奕當中，某種程度可以說是「真理」，但如果說馬英九與李登輝結盟之後而取得政權，倒底是李登輝去適應馬英九，還是李登輝拖著馬英九走，確實是一個有趣又值得觀察的議題。